黃芪烘干機在烘干過程中，黃芪若直接進入適宜糖分轉化的高溫環境，大地溫差使黃芪發生生物保護反應,表皮細胞孔收縮，結殼硬化，阻止黃芪內部水分蒸發。所以在黃芪烘干前期需要足夠的預熱，逐步加溫，為水分大量蒸發作準備。35℃時保持6～10小時，當黃芪溫達45℃時，稍感燙手，待7～8小時后，用力壓黃芪會出現皺紋，黃芪溫達45～48℃時，黃芪表面會出現一層小水珠。 

黃芪烘干房使黃芪內部的游離水大量蒸發，此時，需提高溫度在8～12小時內使烘干機內達到65℃，不要超過70℃。以利水分大量蒸發，并注意減濕，并保持室內溫度不要有大的變化，以便持續不停地蒸發水分。當黃芪表面出現皺紋時，說明干燥正常。

當黃芪烘干設備烘干黃芪的溫度均勻一致，在6個小時內可完成此階段工作。因為后期黃芪水分已不多，應需注意溫度控制，切勿過大，以50℃為佳。此時相對濕度也降了下來，如高于60%時可稍加排濕，隨著黃芪內水分逐漸平衡，也就達到烘干的目的了。注意把烘干好的樣品及時卸出來。